当百合长出新的种球时，可以采取以下几种方法进行处理：

1. 及时分离新种球：一旦发现百合的根部或基部长出了新的小种球，应该在秋季或春季进行分离。这两个季节是百合生长较为缓慢的时候，分离后对母株的影响较小。使用消毒过的刀具小心地将新种球从母株上切下，注意不要损伤到新种球的根系。

2. 选择合适的土壤和容器：分离出来的新种球需要种植在排水良好、富含有机质的土壤中。可以选择通用型花卉土混合